Mais do que marcas, o importante é o tipo de sapatilha.
Há quem goste de sapatilhas minimalistas. Mas quem correr com sapatilha tradicionais, terá de analisar a sua passada. Eu usava neutras e depois dos 30 passei a ter bastantes problemas de joelhos e tornozelos, que só resolvi quando passei a usar sapatilhas de pronação (New Balance 860 são uma boa opção). Há sapatilhas neutras, de pronação e supinação.... em diferentes graus.
Quanto a marcas, há várias de qualidade... principalmente no mercado mais high-end : asics, saucony, new balance, adidas, brooks, mizuno, nike, reebok...
Mas mesmo sketchers e kalenji têm boas sapatilhas, principalmente no entry level.